С момента учреждения в 1966 году Института в его структуре был Отдел Японии, на базе которого в 1992 году был сформирован нынешний Центр японских исследований ИКСА РАН. Долгие годы бессменным руководителем Отдела Японии был видный советский японовед, заслуженный деятель науки, профессор Петров Дмитрий Васильевич. В разные годы в Отделе работали признанные советские/российские учёные-японоведы – д.и.н. И.Я. Бурлингас, д.и.н. В.Н. Бунин, д.и.н. Б.В. Поспелов, д.и.н. А.П. Марков, д.и.н. К.Е.Черевко, д.и.н. А.Д. Богатуров, д.э.н. В.Н. Хлынов и др. Нынешние сотрудники Центра считают своим долгом сохранить и приумножить славное наследие своих предшественников. Стратегия работы Центра определяется как долгосрочными исследовательскими планами ИКСА, так и актуальностью широкого круга проблем современного российского японоведения и российской внешней политики в целом.

Руководство ИКСА ориентирует учёных института на повышение прикладной значимости проводимых исследований, и эта направленность определяет современные акценты исследовательской работы Центра. Реализация такой стратегии осуществляется в виде подготовки аналитических и справочных материалов для государственных исполнительных и законодательных органов власти. Основными формами «выходной продукции» исследовательской деятельности Центра являются: публикация коллективных и индивидуальных монографий, сборников статей, специализированных сборников, отдельных статей в научных изданиях, в отечественных и зарубежных СМИ, доклады на национальных и зарубежных научных конференциях, семинарах, «круглых столах».

Сотрудники Центра ведут активную научную и общественную работу в форме участия в деятельности государственных и общественных организаций (например, Ассоциации японоведов, Обществе «Россия-Япония» и др.), реализуя свой профессиональный опыт в разрешении стоящих перед этими структурами проблем, в основном связанных с внешнеполитической деятельностью страны. Ряд сотрудников Центра ведут преподавательскую деятельность в вузах Москвы. В Центре проходят обучение и стажировку аспиранты, диссертационные темы исследований которых включаются в планы работы Центра.

Центр с 1986 по 2015 гг. выпускал ежегодный сборник ИКСА РАН «Актуальные проблемы современной Японии», а с 2009 по 2014 гг. ежеквартальный журнал «Япония наших дней». С 2016 г. по настоящее время издается ежеквартальный электронный научный журнал ИКСА РАН «Японские исследования» (Japanese Studies in Russia) – www.japanjournal.ru.